Se organizaban en comunidades denominadas aljamas o morerías con diversos grados de autogobierno, según las condiciones de rendición, o de subordinación: en el caso de Baleares, la total esclavitud, en otros casos, la vinculación a la tierra en condiciones de servidumbre feudal. En Valencia existían los denominados moros paliers (protegidos del rey) y otros de menor grado de protección (decimati y quintati).1 Su gran mayoría, de condición social humilde, eran campesinos con una especial vinculación a la agricultura de regadío (huertas y vegas, terrazas en las laderas) o artesanos especializados (albañilería, oficios textiles -cordobanes, sedas-). Con el tiempo, las condiciones de convivencia y tolerancia se fueron endureciendo, restringiendo los contactos sociales y económicos entre comunidades; a la tradicional separación de carnicerías (basada en el especial método de sacrificio) se añadió la prohibición de contactos profesionales y matrimonios mixtos. Las revueltas mudéjares fueron numerosas a partir del siglo XIII, y provocaron la despoblación de algunas zonas (Valle del Guadalquivir, Norte de Alicante), aunque se mantuvieron en otras, sobre todo en el Levante, tanto castellano (Murcia), como aragonés (resto del reino de Valencia -Denia, Játiva, Segorbe-, e incluso en el valle del Ebro -Borja, Tarazona, Huesca, Teruel, Zaragoza, Calatayud-). A finales de la Edad Media representaban el 11 por ciento de la población de la Corona de Aragón.
La Guerra de Granada (1482-1492) proporcionó la definitiva ampliación del concepto de mudéjares a todos los musulmanes peninsulares. En principio las condiciones de la rendición les permitía su continuidad y el ejercicio de la religión islámica, sin embargo, el incumplimiento de las condiciones pactadas por parte de los cristianos originó los primeros conflictos. A partir de la revuelta del Albaicín y la de los mudéjares granadinos en 1499, por el decreto de 1502 fueron obligados a convertirse al cristianismo, pasando así a denominarse moriscos, que a pesar de ello continuaron con sus costumbres diferenciadas y el ejercicio clandestino de su religión. La rebelión de las Alpujarras (1568) llevó a la dispersión de los granadinos por el interior de Castilla (no así los de Levante), y la imposibilidad de integración y el recelo a su connivencia con los piratas berberiscos y el Imperio turco llevó a la decisión de la expulsión de los moriscos en 1609.
